Volledig met kop en kont afgraven en opbergen in een speciaal depot is momenteel binnen het havengebied de meest effectieve en betaalbare methode. Bovendien kan de grond op den duur weer worden hergebruikt. Het afvoeren van de met duizendknoop besmette grond is nagenoeg onbetaalbaar. Als HbR de duizendknoop zou moeten laten afvoeren en verbranden door thermische reiniging, dan zouden de kosten circa 24 miljoen euro bedragen. De kosten van het afgraven, afvoeren en opbergen in de depots bedragen nu grofweg twee miljoen euro. Deze methode is toegepast op een terrein op de Maasvlakte, waar de duizendknoop de grootste overlast veroorzaakte.
Het depot dat is aangelegd bestaat uit totaal ca.125.000 kuub grond. Het duizendknoopdepot lag vlakbij de Coloradoweg op een terrein van bijna een hectare en is ruim zes meter hoog. Het depot is ingepakt met speciaal doek dat ervoor zorgt dat de duizendknoop gaat verstikken onder het doek. Het doek is afgedekt met een laag afdekgrond, wat ervoor zorgt dat het doek op zijn plek blijft liggen. Het depot is nu geopend en onderzoek wijst uit dat dit gelukt is. Het is dus vrij van Japanse Duizendknoop. De grond kan worden hergebruikt en de locatie worden uitgegeven.